Το Τμήμα Έρευνας του Προγράμματος Ιθάκη συμμετέχει στην ερευνητική ομάδα του ΚΕΘΕΑ. Σκοπός του είναι η συλλογή και η επεξεργασία των δεδομένων που αφορούν στο προφίλ των χρηστών που απευθύνονται στο Πρόγραμμα για βοήθεια, καθώς και των δεδομένων της θεραπευτική τους πορείας. Παράλληλα δραστηριοποιείται σχεδιάζοντας και υλοποιώντας έρευνες σχετικά με ζητήματα ανάπτυξης, αποτίμησης και αξιολόγησης των λειτουργιών του προγράμματος. Στο πλαίσιο του Τμήματος εντάσσεται και η εποπτεία των εξωτερικών ερευνητών που συνεργάζονται με το Πρόγραμμα Ιθάκη.

Σε όλα τα προγράμματα του ΚΕ.Θ.Ε.Α. υπάρχουν Τμήματα Έρευνας. Η ερευνητική ομάδα αποτελείται από όλους τους ερευνητές μαζί. Στόχος της ομάδας είναι ο σχεδιασμός και η υλοποίηση ερευνών σε εθνικό επίπεδο για θέματα σχετικά με τα προβλήματα της εξάρτησης.

Οι έρευνες που πραγματοποιούνται από το ΚΕ.Θ.Ε.Α. συνδέονται με αντίστοιχες έρευνες σε ευρωπαϊκό επίπεδο. Μεγάλο μέρος των δεδομένων για την εξέλιξη του προβλήματος των ναρκωτικών και των επιπτώσεων του στην Ελλάδα, προέρχεται μέχρι σήμερα απ' αυτή την ερευνητική ομάδα.